在未来世纪3225年，人类进入四级文明向宇宙进行探索，进行了一项星辰计划，向目标星球开普勒-452b，派遣了三艘不同功能的无人宇宙飞船，分别是：负责战斗防御的祝融号（搭载军方使用武器科技），负责战后建设的共工号（搭载民用科技及建造科技），负责生物改造的女娲号（搭载地球生物科技）。由于途中突遇时空洪流，导致三艘飞船仅有女娲号到达开普勒-452b，三艘飞船失联而独立各自发展成不同的理念。 宇宙世纪3290年，祝融号一方的「旱魃」作为先遣部队按目标到达星球开普勒-452b，随即与保护女娲号的应龙卫发战斗，后来在系统的记录中，称为「上古之战」。如诸神黄昏般的战斗，双方战至筋疲力尽，最终应龙卫打败了旱魃，同时也倒下在冰原之中，进入冷冻休眠状态。 在上古之战之后300年，开普勒-452b整个星球生态加速了进化，并且与女娲号上地球生物DNA互相融合，环境越来越接近地球的更新世。在这期间女娲号重新收集资源，并且结合上古之战的数据，改进了新型机器人，最终制作出了金狮、雷猿、烈虎、天鹏、地牛、巨犀、奔狼、驰狼以及战蟹，并且女娲号系统称这个世纪为「变创纪」。 另一方面，随着星球环境开始暖化，部分应龙卫脱离冰封状态逐步苏醒。长达300年的冰封让应龙卫全体成员与女娲号的连接中断，从而变成各自独立的中立单位，极度狂暴且维持着古生物拟态形态，在被称为「魔龙谷」的区域游荡。对这些应龙卫成员来说，所有靠近他们的机械生命体都是敌人，他们将毫不留情的攻击对方，而这些成员从来不离开这片区域，仿佛他们在守护区域或者在防备某些凶猛的巨兽。女娲号系统内仍然保留着他们的识别称号：帝威、宗棘、罡雷、剑羿、破刃、天啸、傲铠、谛铠。女娲号在重新补获应龙卫的信号后，命令赛博人玄黄组织蚩尤神各成员，寻找及回收应龙卫，让女娲号恢复应龙卫的心智。 而在开普勒-22b，祝融号也重整大军，准备再次向开普勒-452b袭来。共工号由于300年前的信号也在往目的地前进。此后三方的战争正式开始。